Mostar Sarajevo és a tengerpart közötti útvonalon fekszik. Gyakran indulnak buszjáratok a buszállomásról Sarajevoba( 2 és fél órás út), Splitbe( 4 órás út), Dubrovnikba( 3 órás út) és Zágrábba (9 és fél órás út). A 40 percre levő Međugorje-be is gyakran indulnak buszok a főállomásról. A vonatállomás a buszállomás felett található. Minden nap 2 vonat indul a tengerpartra Ploče-be, és kettő Sarajevoba, valamint van napi egy vonat Zágrábba és onnan vissza Mostarba. A repülőtér csak különjáratokat vagy bérelt repülőket fogad. A városon belül egyszerű a közlekedés, az Óvárosban minden látnivaló járótávolságban van.